イリノイ州ベレヴィルでジェフ・トゥイーディとジェイ・ファーラーのふたりを中心に結成されたアンクル・トゥペロは、オルタナ・カントリー・シーンの顔役的存在だったが、４枚のアルバムを残して94年に解散。直後にトゥイーディが立ち上げたのがウィルコだ（ファーラーはサン・ヴォルトを結成）。
95年のデビュー作『A.M.』は、トゥペロ時代の面影を残すオルタナ・カントリーな作風だったが、いきなり２枚組の大作となったセカンド作『ビーイング・ゼア』で広い音楽性を示し、サード作『サマーティース』ではインテリジェンス溢れるポップに急接近、ファンの賛否両論を呼んだ。98年、英国の社会派ベテラン・シンガー・ソングライター、ビリー・ブラッグと共にウディ・ガスリーが遺した詩に曲をつけて演奏したプロジェクト・アルバム『Mermaid Avenue』を発表（同プロジェクトの第2弾も00年に発表）、各方面で好評を博す。
2002年、『サマーティース』での進化を布石に、ジム・オルークをミキサーに迎えた４作目『ヤンキー・ホテル・フォックストロット』でバンドは、米ポストロック・バンドの中心となりえる立ち位置に到達、一気に知名度を上げた。が、この時期のバンドが必ずしも順風満帆ではなかったことも、ドキュメンタリー映像／DVD『I Am Trying To Break Your Heart』には生々しく記録されている。もともとウィルコはメンバー・チェンジの激しいバンドだったが、『ヤンキー・ホテル?』制作中、トゥイーディと、彼に次いで音楽的主導権を握っていたジェイ・ベネットとの確執が深まり、結果、ジェイは脱退、また、同作レコーディング中、所属のメジャー・レーベルから解雇されてしまうという顛末が収録されているのだ。そんな苦労の末にリリースされた『ヤンキー・ホテル?』が（しかも、バンドは同作を新たなレーベル契約前に無料配信した）バンド史上最大のヒットになったというのも、皮肉な話ではある。蛇足ながら、ウィルコを離れてからも地道に音楽活動を続けていたベネットは、2009年5月24日、イリノイ州の自宅で亡くなった。享年45歳。
03年、真冬のロック・フェス『マジック・ロック・アウト』出演のために初来日。現時点では、これがウィルコ唯一の来日公演である。翌04年発表の『ゴースト・イズ・ボーン』（全米最高位８位）では、音響系からポップ、ロック、カントリー、ジャム系までのサウンド世界を縦横無尽に行き来し、グラミー賞では最優秀オルタナティヴ・ミュージック・アルバムと最優秀パッケージ・レコーディングの２部門を受賞、さらにこの頃には現在の"最強メンバー６人"（各自が高いスキルを持ったミュージシャンであり、ウィルコ以外でのソロ／バンド活動も活発）が揃い、ライヴ・バンドとしても目覚ましい躍進を遂げていったのである。そんな彼らの演奏は、05年にリリースされた、初のライヴ盤『キッキング・テレビジョン』に認めることができる。07年、"最強の６人"による初スタジオ作品『スカイ・ブルー・スカイ』（全米初登場４位）を発表、08年2月には地元シカゴで「完全なるウィルコを見せたい」と、５夜に渡るコンサートを実現させ、毎夜30曲余、3時間に渡るショウを繰り広げている。そして、09年。４月にライヴ・ドキュメンタリーDVD『Ashues Of American Flag』を発表したのに続き、６月、通算7作目となる『ウィルコ（ジ・アルバム）』をリリース。