1963年10月生まれ、イギリスのマンチェスター出身。
1982年にモリッシーと共にザ・スミスを結成、87年のバンド解散まで4枚のアルバムを発表し、オアシスやレディオヘッド、スウェードといった後のUKロック／ブリットポップ・ムーヴメントに多大な影響を与える存在となる。
ザ・スミス解散後も89年から93年までザ・ザのメンバーとなり2枚のアルバムに参加、89年にはニュー・オーダーのバーナード・サムナーとのスーパーグループ、エレクトロニックを始動、その他にもセッション・ミュージシャンとして数々のアーティストの作品に参加し、その特徴的なギター・プレイを披露していく。2000年にはリンゴ・スターの息子であるザック・スターキーやクーラシェイカーのメンバーらとともにジョニー・マー＆ザ・ヒーラーズを結成、同時に他アーティストのプロデュース業も行い、精力的に活動を続けていく。2008年にはUKロック・アクト、ザ・クリブスに加入し、アルバム1枚を発表した後、ザ・クリブスとしての単独公演、そしてアークティック・モンキーズのサポート・アクトとして来日も果たしている。
2010年には映画『インセプション』のサウンドトラックにギタリストとして参加。そして、デビューから30年を経た2013年、ジョニー・マーにとって初となるソロ・アルバム『ザ・メッセンジャー』を発表、世界中から喝さいを浴びる。そして早くも2014年、前作発表後から曲作りをスタートさせていたというセカンド・ソロ・アルバム『プレイランド』を完成させた。